2000年8月，石河子大学被国家确定为西部重点建设高校。

2001年6月，教育部指定北京大学对口支援石河子大学。

2004年5月，教育部与兵团共建石河子大学。

石河子大学已有55年的办学历史，

建校最早的原石河子医学院前身诞生于1949年9月中国人民解放军解放新疆的进军途中。